| |
|
|
|
Registro Completo |
|
Biblioteca(s): |
Embrapa Cerrados. |
|
Data corrente: |
12/12/2018 |
|
Data da última atualização: |
12/12/2018 |
|
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
|
Autoria: |
PERIPOLLI, E.; METZGER, J.; LEMOS, M. V. A. de; STAFUZZA, N. B.; KLUSKA, S.; OLIVIERI, B. F.; FEITOSA, F. L. B.; BERTON, M. P.; LOPES, F. B.; MUNARI, D. P.; LOBO, R. B.; MAGNABOSCO, C. de U.; DI CROCE, F.; OSTERSTOCK, J.; DENISE, S.; PEREIRA, A. S. C.; BALDI, F. |
|
Afiliação: |
ELISA PERIPOLLI, UNESP; JULIA METZGER, University of Veterinary Medicine Hannover; MARCOS VINICIUS ANTUNES DE LEMOS, UNESP; NEDENIA BONVINOSTAFUZZA, UNESP; SABRINA KLUSKA, UNESP; BIANCA FERREIRA OLIVIERI, UNESP; FABIELI LOUISE BRAGA FEITOSA, UNESP; MARIANA PIATTO BERTON, UNESP; FERNANDO BRITO LOPES, UNESP; DANISIO PRADO MUNARI, UNESP; RAYSILDO BARBOSA LOBO, Associação Nacional de Criadores e Pesquisadores; CLAUDIO DE ULHOA MAGNABOSCO, CPAC; FERNANDO DI CROCE, Zoetis; JASON OSTERSTOCK, Zoetis; SUE DENISE, Zoetis; ANGELICA SIMONE CRAVO PEREIRA, USP; FERNANDO BALDI, UNESP. |
|
Título: |
Autozygosity islands and ROH patterns in Nellore lineages: evidence of selection for functionally important traits. |
|
Ano de publicação: |
2018 |
|
Fonte/Imprenta: |
BMC Genomics, v. 19, 680, 2018. |
|
DOI: |
https://dx.doi.org/10.1186%2Fs12864-018-5060-8 |
|
Idioma: |
Inglês |
|
Conteúdo: |
Abstract Background The aim of this study was to assess genome-wide autozygosity in a Nellore cattle population and to characterize ROH patterns and autozygosity islands that may have occurred due to selection within its lineages. It attempts also to compare estimates of inbreeding calculated from ROH (FROH), genomic relationship matrix (FGRM), and pedigree-based coefficient (FPED). Results The average number of ROH per animal was 55.15 ± 13.01 with an average size of 3.24 Mb. The Nellore genome is composed mostly by a high number of shorter segments accounting for 78% of all ROH, although the proportion of the genome covered by them was relatively small. The genome autozygosity proportion indicates moderate to high inbreeding levels for classical standards, with an average value of 7.15% (178.70 Mb). The average of FPED and FROH, and their correlations (− 0.05 to 0.26) were low. Estimates of correlation between FGRM-FPED was zero, while the correlation (− 0.01 to − 0.07) between FGRM-FROH decreased as a function of ROH length, except for FROH > 8Mb (− 0.03). Overall, inbreeding coefficients were not high for the genotyped animals. Autozygosity islands were evident across the genome (n = 62) and their genomic location did not largely differ within lineages. Enriched terms (p < 0.01) associated with defense response to bacteria (GO:0042742), immune complex reaction (GO:0045647), pregnancy-associated glycoproteins genes (GO:0030163), and organism growth (GO:0040014) were described within the autozygotic islands. Conclusions Low FPED-FROH correlation estimates indicate that FPED is not the most suitable method for capturing ancient inbreeding when the pedigree does not extend back many generations and FROH should be used instead. Enriched terms (p < 0.01) suggest a strong selection for immune response. Non-overlapping islands within the lineages greatly explain the mechanism underlying selection for functionally important traits in Nellore cattle. MenosAbstract Background The aim of this study was to assess genome-wide autozygosity in a Nellore cattle population and to characterize ROH patterns and autozygosity islands that may have occurred due to selection within its lineages. It attempts also to compare estimates of inbreeding calculated from ROH (FROH), genomic relationship matrix (FGRM), and pedigree-based coefficient (FPED). Results The average number of ROH per animal was 55.15 ± 13.01 with an average size of 3.24 Mb. The Nellore genome is composed mostly by a high number of shorter segments accounting for 78% of all ROH, although the proportion of the genome covered by them was relatively small. The genome autozygosity proportion indicates moderate to high inbreeding levels for classical standards, with an average value of 7.15% (178.70 Mb). The average of FPED and FROH, and their correlations (− 0.05 to 0.26) were low. Estimates of correlation between FGRM-FPED was zero, while the correlation (− 0.01 to − 0.07) between FGRM-FROH decreased as a function of ROH length, except for FROH > 8Mb (− 0.03). Overall, inbreeding coefficients were not high for the genotyped animals. Autozygosity islands were evident across the genome (n = 62) and their genomic location did not largely differ within lineages. Enriched terms (p < 0.01) associated with defense response to bacteria (GO:0042742), immune complex reaction (GO:0045647), pr... Mostrar Tudo |
|
Palavras-Chave: |
Padroes ROH. |
|
Thesagro: |
Endogamia; Gado Nelore; Genética Animal; Genoma. |
|
Thesaurus Nal: |
Homozygosity. |
|
Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
|
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/188276/1/12864-2018-Article-5060-APAGAR.pdf
|
|
Marc: |
LEADER 03204naa a2200397 a 4500
001 2101339
005 2018-12-12
008 2018 bl uuuu u00u1 u #d
024 7 $ahttps://dx.doi.org/10.1186%2Fs12864-018-5060-8$2DOI
100 1 $aPERIPOLLI, E.
245 $aAutozygosity islands and ROH patterns in Nellore lineages$bevidence of selection for functionally important traits.$h[electronic resource]
260 $c2018
520 $aAbstract Background The aim of this study was to assess genome-wide autozygosity in a Nellore cattle population and to characterize ROH patterns and autozygosity islands that may have occurred due to selection within its lineages. It attempts also to compare estimates of inbreeding calculated from ROH (FROH), genomic relationship matrix (FGRM), and pedigree-based coefficient (FPED). Results The average number of ROH per animal was 55.15 ± 13.01 with an average size of 3.24 Mb. The Nellore genome is composed mostly by a high number of shorter segments accounting for 78% of all ROH, although the proportion of the genome covered by them was relatively small. The genome autozygosity proportion indicates moderate to high inbreeding levels for classical standards, with an average value of 7.15% (178.70 Mb). The average of FPED and FROH, and their correlations (− 0.05 to 0.26) were low. Estimates of correlation between FGRM-FPED was zero, while the correlation (− 0.01 to − 0.07) between FGRM-FROH decreased as a function of ROH length, except for FROH > 8Mb (− 0.03). Overall, inbreeding coefficients were not high for the genotyped animals. Autozygosity islands were evident across the genome (n = 62) and their genomic location did not largely differ within lineages. Enriched terms (p < 0.01) associated with defense response to bacteria (GO:0042742), immune complex reaction (GO:0045647), pregnancy-associated glycoproteins genes (GO:0030163), and organism growth (GO:0040014) were described within the autozygotic islands. Conclusions Low FPED-FROH correlation estimates indicate that FPED is not the most suitable method for capturing ancient inbreeding when the pedigree does not extend back many generations and FROH should be used instead. Enriched terms (p < 0.01) suggest a strong selection for immune response. Non-overlapping islands within the lineages greatly explain the mechanism underlying selection for functionally important traits in Nellore cattle.
650 $aHomozygosity
650 $aEndogamia
650 $aGado Nelore
650 $aGenética Animal
650 $aGenoma
653 $aPadroes ROH
700 1 $aMETZGER, J.
700 1 $aLEMOS, M. V. A. de
700 1 $aSTAFUZZA, N. B.
700 1 $aKLUSKA, S.
700 1 $aOLIVIERI, B. F.
700 1 $aFEITOSA, F. L. B.
700 1 $aBERTON, M. P.
700 1 $aLOPES, F. B.
700 1 $aMUNARI, D. P.
700 1 $aLOBO, R. B.
700 1 $aMAGNABOSCO, C. de U.
700 1 $aDI CROCE, F.
700 1 $aOSTERSTOCK, J.
700 1 $aDENISE, S.
700 1 $aPEREIRA, A. S. C.
700 1 $aBALDI, F.
773 $tBMC Genomics$gv. 19, 680, 2018.
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
|
Registro original: |
Embrapa Cerrados (CPAC) |
|
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
|
|
|
Registro Completo
|
Biblioteca(s): |
Embrapa Clima Temperado. |
|
Data corrente: |
09/04/2008 |
|
Data da última atualização: |
03/01/2019 |
|
Tipo da produção científica: |
Comunicado Técnico/Recomendações Técnicas |
|
Autoria: |
SCHIEDECK, G.; SCHWENGBER, J. E.; GONÇALVES, M. de M.; SCHIAVON, G. de A.; CARDOSO, J. H. |
|
Afiliação: |
Márcio de Medeiros Gonçalves. |
|
Título: |
Minhocário campeiro de baixo custo para a agricultura familiar. |
|
Ano de publicação: |
2007 |
|
Fonte/Imprenta: |
Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2007. |
|
Páginas: |
4 p. |
|
Série: |
(Embrapa Clima Temperado. Comunicado técnico, 171). |
|
Idioma: |
Português |
|
Conteúdo: |
MINHOCÁRIO CAMPEIRO: RESUMO:A minhocultura é uma atividade muito interessante para a produção de adubo orgânico de qualidade nas propriedades familiares. O húmus de minhoca, além de ser rico em nutrientes para as plantas, ajuda a melhorar as características físicas do solo, como a aeração e a retenção de água. Ao contrário do que grande parte dos agricultores pensa, a principal causa do insucesso de um minhocário está em seu no manejo inadequado e não na falta de uma maior infraestrutura, feita com tijolos, telhas e cimento. O minhocário campeiro de baixo custo é construído com materiais disponíveis na própria propriedade e pode ser adaptado a diversas condições. Sugere-se contruir o minhocário com bambus e adotar a largura máxima de 1 metro; o comprimento pode ser variável. Os bambus devem ser colocados intercalados um sobre o outro de forma que suas pontas se cruzem cerca de 5 cm. Para guarnecer as pontas, deve ser fixada uma estaca de cada lado da cruz formada na junção. Os bambus devem ser empilhados até atingirem a altura de 30 cm, embora esse limite possa ser maior conforme a necessidade. O fato de não requerer o uso de arame na sua estrutura e de poder ter sua altura aumentada a qualquer momento, é o que diferencia esse minhocário de outros modelos também construídos com bambu. O interior do minhocário deve ser forrado com sombrite ou filme plástico perfurado, para, ao mesmo tempo, conter o alimento e as minhocas e permitir a drenagem da água da chuva que por ventura venha a cair em seu interior. Para reduzir ao máximo o efeito do impacto da gota da chuva sobre o minhocário, deve ser colocada uma cobertura de folhas secas ou construir uma tampa com ripas de bambus cortadas ao meio e revestí-la com lona plástica. O minhocário deve ser montado em um local onde faça sombra durante a maior parte do dia. A área deve ter uma leve declividade, para que a água da chuva ou de escorrimento não acumule em seu interior. SCHIEDECK, G.; SCHWENGBER, J.E.; GONÇALVES, M. de M.; SCHIAVON, G. de A.; CARDOSO, J.H. Minhocário campeiro de baixo custo para a agricultura familiar. Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2007. (Comunicado Técnico, 171). MenosMINHOCÁRIO CAMPEIRO: RESUMO:A minhocultura é uma atividade muito interessante para a produção de adubo orgânico de qualidade nas propriedades familiares. O húmus de minhoca, além de ser rico em nutrientes para as plantas, ajuda a melhorar as características físicas do solo, como a aeração e a retenção de água. Ao contrário do que grande parte dos agricultores pensa, a principal causa do insucesso de um minhocário está em seu no manejo inadequado e não na falta de uma maior infraestrutura, feita com tijolos, telhas e cimento. O minhocário campeiro de baixo custo é construído com materiais disponíveis na própria propriedade e pode ser adaptado a diversas condições. Sugere-se contruir o minhocário com bambus e adotar a largura máxima de 1 metro; o comprimento pode ser variável. Os bambus devem ser colocados intercalados um sobre o outro de forma que suas pontas se cruzem cerca de 5 cm. Para guarnecer as pontas, deve ser fixada uma estaca de cada lado da cruz formada na junção. Os bambus devem ser empilhados até atingirem a altura de 30 cm, embora esse limite possa ser maior conforme a necessidade. O fato de não requerer o uso de arame na sua estrutura e de poder ter sua altura aumentada a qualquer momento, é o que diferencia esse minhocário de outros modelos também construídos com bambu. O interior do minhocário deve ser forrado com sombrite ou filme plástico perfurado, para, ao mesmo tempo, conter o alimento e as minhocas e permitir a drenagem da água da chuva que por ventura ... Mostrar Tudo |
|
Palavras-Chave: |
Adubação orgânica; Minhocultura. |
|
Thesagro: |
Húmus. |
|
Categoria do assunto: |
-- |
|
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/31329/1/comunicado-171.pdf
|
|
Marc: |
LEADER 02839nam a2200217 a 4500
001 1746035
005 2019-01-03
008 2007 bl uuuu u0uu1 u #d
100 1 $aSCHIEDECK, G.
245 $aMinhocário campeiro de baixo custo para a agricultura familiar.
260 $aPelotas: Embrapa Clima Temperado$c2007
300 $a4 p.
490 $a(Embrapa Clima Temperado. Comunicado técnico, 171).
520 $aMINHOCÁRIO CAMPEIRO: RESUMO:A minhocultura é uma atividade muito interessante para a produção de adubo orgânico de qualidade nas propriedades familiares. O húmus de minhoca, além de ser rico em nutrientes para as plantas, ajuda a melhorar as características físicas do solo, como a aeração e a retenção de água. Ao contrário do que grande parte dos agricultores pensa, a principal causa do insucesso de um minhocário está em seu no manejo inadequado e não na falta de uma maior infraestrutura, feita com tijolos, telhas e cimento. O minhocário campeiro de baixo custo é construído com materiais disponíveis na própria propriedade e pode ser adaptado a diversas condições. Sugere-se contruir o minhocário com bambus e adotar a largura máxima de 1 metro; o comprimento pode ser variável. Os bambus devem ser colocados intercalados um sobre o outro de forma que suas pontas se cruzem cerca de 5 cm. Para guarnecer as pontas, deve ser fixada uma estaca de cada lado da cruz formada na junção. Os bambus devem ser empilhados até atingirem a altura de 30 cm, embora esse limite possa ser maior conforme a necessidade. O fato de não requerer o uso de arame na sua estrutura e de poder ter sua altura aumentada a qualquer momento, é o que diferencia esse minhocário de outros modelos também construídos com bambu. O interior do minhocário deve ser forrado com sombrite ou filme plástico perfurado, para, ao mesmo tempo, conter o alimento e as minhocas e permitir a drenagem da água da chuva que por ventura venha a cair em seu interior. Para reduzir ao máximo o efeito do impacto da gota da chuva sobre o minhocário, deve ser colocada uma cobertura de folhas secas ou construir uma tampa com ripas de bambus cortadas ao meio e revestí-la com lona plástica. O minhocário deve ser montado em um local onde faça sombra durante a maior parte do dia. A área deve ter uma leve declividade, para que a água da chuva ou de escorrimento não acumule em seu interior. SCHIEDECK, G.; SCHWENGBER, J.E.; GONÇALVES, M. de M.; SCHIAVON, G. de A.; CARDOSO, J.H. Minhocário campeiro de baixo custo para a agricultura familiar. Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2007. (Comunicado Técnico, 171).
650 $aHúmus
653 $aAdubação orgânica
653 $aMinhocultura
700 1 $aSCHWENGBER, J. E.
700 1 $aGONÇALVES, M. de M.
700 1 $aSCHIAVON, G. de A.
700 1 $aCARDOSO, J. H.
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
|
Registro original: |
Embrapa Clima Temperado (CPACT) |
|
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
Fechar
|
| Nenhum registro encontrado para a expressão de busca informada. |
|
|
